Al igual que la flora, en la fauna intervienen los mismos factores como lo son sus características geológicas de los Andes o bien por los cambios en la transición del Pleistoceno Medio y su tipo de ecosistema (Bosque Seco Tropical – BTS) que dan como resultado especies con alto endemismo, es decir que solo se encuentran en esta parte del mundo. A continuación, se presentan grupos de especies dentro del PGCCh haciendo énfasis en algunas especies de especial importancia para la población y los ecosistemas.